Inter Assebroek werd opgericht in 1965 en kreeg als stamnummer 6. De ploeg begon klein en bouwde de jaren daarop richting hun hoogtepunt. 

Het eerste lichtpunt werd bereikt in het seizoen van 1965-66 waar de heren kampioen speelden in tweede klasse. De intrede op het hoogste niveau was hiermee een feit. De jaren daarop werd verder getimmerd aan een stabiele ploeg en fusioneerde Assebroek met Finearts Brugge. Een jaar later speelden de damesploeg hun eerste wedstrijd. 

Het eerste grote succes was de bekerwinst in het seizoen 1977-78. In augustus 1983 fusioneerden we vervolgens met KBC Sint-Lutgard, een andere eersteklasser uit Assebroek. Door deze uitbreiding werd een satellietclub opgericht, Eendracht Assebroek, die in korte tijd ook in de hoogste afdeling geraakte. Later zorgde de transfer van Boudewijn Terryn, overgekomen van Hoger Op Beitem in het seizoen 1985-86 mee voor een eerste titel. Uit de eigen jeugd was ondertussen Stefaan Van Nieuwkerke doorgegroeid naar de eerste ploeg van Eendracht Assebroek. Nadat de beide clubs terug herenigd waren, werden in de seizoenen 1987-88 en 1988-89 werden twee nieuwe landstitels behaald. Halfweg de jaren 1990 groeide Inter Assebroek uit tot een bijna onklopbare ploeg. Tussen 1995 en 2001 werden maar liefst zes titels behaald, waarvan 5 opeenvolgende en drie bekers.

In 2002 viel de ploeg uit elkaar en degradeerde Inter Assebroek vrijwillig naar de laagste afdeling. Het devies waaronder de ploeg functioneert, zorgde opnieuw voor de heropleving. Talentvolle jeugdspelers kregen onder het toeziend oog van enkele ervaren spelers in de ploeg de kans om zich te ontpoppen. Met succes, want in 2017 promoveerde de club opnieuw naar de eerste nationale klasse.